在建设工程施工过程中，承发包双方经常会签署多份协议，如施工合同、结算协议、垫资协议等，其中，建设工程市场存在大量的违法分包、转包行为，这些行为将会导致合同无效，在认定施工合同为无效合同后，对合同中约定的结算协议或结算条款能否单独适用，其法律效力如何？
相关案例
太阳开公司(甲方)未经招投标, 直接与神龙建工集团(乙方)签订《“太阳苑”工程苑”建筑工程承包合同》,将太阳开公司开发的“太阳项目交神龙建工集团承建。施工过程中,双决书方发生争议,在当地政府主持下,达成《纠纷处理协议》,约定:1.甲方于2013年12月31日前支付进度款600万元给乙方,乙方在收到款项之日起3日内组织复工,确保20天内将所剩工程施工完毕达到竣工验收标准…………3.乙方在启动复工的同时,同步完善并提供有关工程资料以备验收和审计。4.县住建局牵头采取以抽签的方式确定1家作为审计单位,对“太阳苑”住宅项目的工程造价进行审计，审计结果作为工程结算的法定依据…………-7．因施工纠纷给甲乙双方都造成了损失，经协商，由甲方出资200万元补助给乙方。8．若任何一方违反调解约定，违约方须向守约方承担该项目住宅及酒店工程总价款百分之ニ十的违约金。
法院观点
最高人民法院在二审中认为，案涉工程项目属于必须进行招标的项目，双方当事人未履行法律规定的招标投标程序，违反了法律的强制性规定，故（“太阳苑”工程建筑工程承包合同》为无效合同。但（纠纷处理协议）是在本案双方当事人因项目施工发生纠纷，普定县人民政府组织进行协调并达成一致意见的情况下，双方就纠纷处理方案签订的协议。该协议在性质上属于太阳开公司、太阳酒店和神龙建工集团对双方之间既存债权债务关系的结算和清理，因而具有独立性。《纠纷处理协议》作为清算协议，具有单独的法律效力，应当作为处理双方争议的依据。案涉工程交付、工程款结算及违约责任的确定等，应当根据《纠纷处理协议》的内容确定。
律师解析
一方面，结算协议是为履行施工合同而签订，相对于施工合同而言，具有补充性。最高人民法院认为：“工程结算协议是为履行施工合同签订的，体现了工程结算的结果，其性质为补充协议，是对施工合同的细化、补充。”但另一方面，“工程结算后，施工合同双方对发包人欠付承包人工程价款数额达成一致，即工程欠款已成为一个定数”,故结算协议也具有一定的独立性。那么在施工合同无效的情况下，对结算协议是基于补充性将其认定为无效，还是基于独立性将其认定为有效？
实务界认为，结算协议的效力独立于施工合同，施工合同无效并不导致结算协议无效。在合同无效的情形下，工程按期完工且验收合格，作为工程价款的请求依据，双方在合同签订时是基于双方的真实意思表示，对合同双方应当具有约束力，
承发包双方在施工过程中签订的具有结算性质的协议，虽然是对施工合同的细化、补充，但参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的规定，其效力具有独立性，不受施工合同无效的影响。
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